ხანცთა ტაო-კლარჯეთის ერთ-ერთი უდიდესი მონასტერთაგანია. დღევანდელი არქიტექტურული კომპლექსი შედგება: მონასტრის ეკლესიის, სამრეკლოს, სატრაპეზოს, მცირე სამლოცველოების, წყაროს და გალავნისაგან.
ისტორიული წყაროების ცნობით სულიწმინდამ 784 წელს ოპიზის მონასტერში დამკვიდრებული წმინდა გრიგოლი ხანცთაში მიიყვანა. აქ მას მარტომყოფი ბერი ხუედიოსი დახვედრია. ბერმა სტუმარს მიდამოები დაათვალიერებინა და გრიგოლმა ამჟამინდელი ადგილი მონასტრის ასაშენებლად ძალიან მოიწონა. პირველად აქ ხის ეკლესია და ბერების სენაკები აიგო, მოგვიანებით აშენდა დიდი დარბაზი  სატრაპეზოსათვის. IX საუკუნის დასაწყისში გრიგოლმა ადგილობრივი დიდებულის გაბრიელ დაფანჩულის მატერიალური და მორალური მხარდაჭერით ქვის ეკლესიაც აღმართა.
გურგენ კურაპალატის შვილმა აშოტ კუხმა (896-918) IX საუკუნეში აქ გრანდიოზული მშენებლობა წამოიწყო, რომელიც  ერისთავთერისთავმა გურგენმა (918-941) დაასრულა. მშენებლობის დაწყებამდე დიდი მოსამზადებელი სამუშაოები ჩატარებულა: ეკლესიისთვის ციცაბო კლდე დაუვაკებიათ,  ჩავარდნილი ადგილები თაღებით მოუსწორებიათ, აღმოსავლეთ მხარეს კი საყრდენი კედელი ამოუყვანიათ.  ტაძრის ასაშენებლად საჭირო ქვა და კირი ციცაბო ბილიკებით ძალიან შორი მანძილიდან მშენებლებს ზურგით მოუტანიათ.
მთელი რიგი სიახლეებით ხანცთის ეკლესია კლარჯეთის არქიტექტურის ახალი ეტაპს წარმოადგენს: თლილი ქვის საფასადო პერანგი, გუმბათის ყელის თაღნარი და ტეხილი კარნიზი, ფართო თავსართები. ხანცთა ერთადერთია კლარჯეთის შემორჩენილ ეკლესიებში, რომელიც ჩახაზული ჯვრის გეგმაზეა აგებული.
ეკლესია თავისი მოხდენილი ზომისა და შემაღლებული პროპორციების წყალობით დომინირებს არა მხოლოდ სამონასტრო კომპლექსზე არამედ მთელ მიდამოზეც. ჯვარგუმბათიანი შენობის  შიდა სიგრძე 16.85, სიგანე კი 10.50 მეტრია. ეკლესიის დანახვისას განსაკუთრებულ ყურადღებას გუმბათი მიიქცევს, იგი თავისი აგებულებით ბრწყინვალედ აგვირგვინებს შენობას. ეფუძნება ოთხ მსუბუქად შეისრულ თაღს, გუმბათის ყელი  თორმეტწახნაგაა. ყველაზე უჩვეულოა სახურავი, რომელსაც ნახევრად გაშლილი ქოლგის ფორმა აქვს.
ეკლესიის საშენი ქვა უაღრესად ხარისხიანად არის დამუშავებული, ფასადებზე გამოყენებულია თანაბარი ზომის, სუფთად გათლილი მართკუთხა ბლოკები. ისინი თანაბარ რიგებად არის დაწყობილი და ისე მჭიდროდ ერგებიან ერთმანეთს, რომ რიგებსა და ქვებს შორის კირის ხსნარი არ ჩანს. ეკლესიის მაშენებელია ხუროთმოძღვარი ამონა, რომელსაც გიორგი მერჩულე ხოტბას ასხამს და „სიბრძნით სრულიად მაშენებელს“ უწოდებს.
მონასტრის დასავლეთ ნაწილში უნდა ყოფილიყო ბერებისა და არქიმანდრიტის სენაკები, ისინი წარმოადგენს ყოველგვარ კომფორტს მოკლებულ, უკიდურესად სადა ოთახებს, ნიშების, ბუხრებისა და ღუმელების გარეშე, რაც შეესაბამება მონასტრის მკვიდრთა ასკეტურ ყოფასა და მკაცრ დისციპლინას. მთელი  ანსამბლის არქიტექტურაც ასევე სადა და ასკეტურია. რელიეფები არ არის. ერთადერთი ჯვარი, რომელიც მხოლოდ წითელი ქვითაა გამოყვანილი და არ გააჩნია არანაირი ორნამენტაცია აღმოსავლეთი ფასადის სარკმლის თავზე იყო ჩასმული. რადგან ამ მხრიდან ეკლესია ფაქტიურად მიუდგომელია და მისი დანახვა მხოლოდ შორიდანაა შესაძლებელი, პროფესორი ვახტანგ ჯობაძე თვლიდა, რომ მას არა დეკორატიული, არამედ სწორედაც რომ საკრალური ფუნქცია ეკისრებოდა და ის მოასწავებს მაცხოვრის მეორედ მოსვლას, რასაც კაცობრიობა ძრწოლით და შიშით აღმოსავლეთიდან მოელოდა. ჯობაძე აღმოსავლეთის სარკმელს მეორედ მოსვლის ხილვის სარკმელს უწოდებს, ჯვარი კი ქრისტეს წინამორბედია. მისი განმარტებით, წითელი ფერის შერჩევაც მეორედ მოსვლის სიმბოლური გაცხადებაა, რამეთუ წითელი ფერი ნიშნავს ქრისტეს დაღვრილ სისხლს.
რაც შეეხება ყველაზე ადრეულ ნაგებობებს, გრიგოლისდროინდელად შეიძლება მივიჩნიოთ ქვის დიდი სატრაპეზო, გალავნის ნაწილი, ეკლესიის დასადგმელად ბაქანისათვის ამოყვანილი კედლის ქვედა ნაწილი, სატრაპეზოსთან არსებული სენაკების ნაშთები, ასევე, არქაული ფორმებით გამორჩეული და დიდი მასიური ქვის ლოდებით ნაგები პატარა დარბაზული ეკლესია წყაროს თავზე.
წყაროს სამლოცველოს  გადახურვა და კედლების ზედა ნაწილები დღეისათვის მონგრეული აქვს. ნათლად ჩანს რომ აფსიდი ნალისებური მოხაზულობისაა. იგი სხვადასხვა ზომის უხეშად დამუშავებული ქვებითაა ნაგები და სრულიად სადაა შიგნითაც და გარედანაც. თურქეთში მცხოვრები ჩვენებურები ამ მშენებლობის შესახებ ლეგენდებს ჰყვებიან. მათ სჯერათ, რომ სამლოცველო სამმა ძმამ ააგო, რომლებიც სამი თვე მთაში ცხოვრობდნენ, მკაცრად მარხულობდნენ (მხოლოდ ბალახით იკვებებოდნენ) და ამიტომაც ღმერთმა დიდი ლოდების  დაძვრის ძალა მისცა.
მონასტრის დასავლეთ მხარეს, გალავანს შიგნით ორსართულიანი  სამრეკლო დგას, ის ტრადიციულად ორსართულიანია. ქვედა იარუსს შეადგენს კუბური მოცულობა შიგ ერთი სათავსით, ზედას კი — რვათაღიანი ფანჩატური, საკუთრივ სამრეკლო. ფანჩატურს აქვს ქვის ლორფინით დაბურული დაბალი კონუსური სახურავი
მასზე შემორჩენილია ოთხი სამშენებლო წარწერა ერთ–ერთ მათგანში მოხსენიებულია სამრეკლოს მაშენებელი მარკოზი. მას მეცნიერები აიგივებენ კლარჯ მღვდელ-მონაზონ მარკოზთან, რომელიც 1545 წლის ახლოს ხანძთიდან სინას მთაზე, წმინდა ეკატერინეს მონასტერში გადავიდა. სინას სულთა მატიანის ერთ–ერთ მინაწერში იგი თავის თავს „ჴანცთასა სამრეკლოსა აღმშენებელსა“ უწოდებს. სამრეკლო მას 1540–იან წლებში უნდა აეგო
წარწერაში ასევე მოხსენიებულია კალატოზები კლდელი აბესალმა, ქამირი და ყაზანი. ხანცთის ერთ–ერთი წარწერის ფილა ფოტოგრაფმა დიმიტრი ერმაკოვმა თბილისში ჩამოიტანა.  წარწერაში მოხსენიებულია ერისთავთ–ერისთავი სუმბატი ან აშოტ ერისთავთ–ერისთავი  განსაკუთრებული შინაარსისაა წარწერის  მეოთხე სტრიქონი:“ ...მას მივყიდეთ ესე ტაძარი..“ მანამდე ნახსენებია მამა იოვანე, სავარაუდოდ მონასტრის წინამძღვარი. ტექსტიდან ჩანს, რომ მან ვიღაცას (ვინაობა არ ჩანს წარწერის დაზიანების გამო) „მიჰყიდა“ ტაძარი. ეკლესიის გაყიდვა უცნობია როგორც ქართული, ისე ქრისტიანული სამყაროს პრაქტიკაში. გამოთქმულია მოსაზრება, რომ აქ შესაძლოა რაიმე უფლების გაყიდვა იგულისხმებოდეს, მაგალითად მონასტრის ეკლესიაში დასაფლავებისა.
VIII-X საუკუნეებში ხანცთის მონასტერი იყო ქართული განათლებისა და მწიგნობრობის უმნიშვნელოვანესი ცენტრი. ხანცთაში მოღვაწე პირთაგან წმ. გრიგოლ ხანძთელის გარდა აღსანიშნავია: არსენ დიდი, ქართლის კათალიკოსი, გიორგი მერჩულე, რომელმაც სწორედ აქ, ხანცთაში დაწერა 950 წელს „ცხოვრება გრიგოლ ხანძთელისა“, საბა იშხნელი და მრავალი სხვა.
ოსმალეთის იმპერის მიერ კლარჯეთის დაპყრობის შემდეგ ხანცთა დაიცალა და დავიწყებას მიეცა.
მივიწყებული მონასტერი მკვლევართათვის ცნობილი გახდა მხოლოდ 1889 წელს, ალექსანდრე ქუთათელაძემ გამოაქვეყნა მოკლე თხზულება გიორგი მერჩულეს თხზულებიდან. ავტორი ხანძთას დამახინჯებული სახელით — „ხანძოეთით“ მოიხსენიებდა. იგი ვარაუდობდა, რომ „ხანძოეთი“ კლარჯეთშია, ანჩის მახლობლად. ასე ფიქრობდა თ. ჟორდანიაც. განსხვავებული აზრი გამოთქვა ექვთიმე თაყაიშვილმა. მან „ხანძოეთი“ ევფრატის ზედაწელში, ისტორიულ დასავლეთ სომხეთში მდებარე ქალაქ ჰანძითთან გააიგივა.
ნიკო მარის მიერ გრიგოლ ხანცთელის ცხოვრების სრული ტექსტის გამოქვეყნების შემდეგ გაირკვა, რომ ხანცთა კლარჯეთში მდებარეობს, მაგრამ მისი ზუსტი ლოკალიზაცია მაინც გაძნელდა. საქმეს ართულებდა ისიც, რომ კლარჯეთის „ათორმეტ უდაბნოთაგან“ მხოლოდ ორის ტოპონიმი დაიკარგა — ხანცთა და შატბერდი; ადგილობრივმა გამაჰმადიანებულმა ქართველებმა ამ სახელწოდების მონასტრის ან დასახლების შესახებ არაფერი იცოდნენ. XX სუკუნის დამდეგს ნიკო მარი კლარჯეთში მოგზაურობისას შეეცადა თავად დაედგინა მონასტრის მდებარეობა და ხანცთასთან გააიგივა კარჩხალას ხეობაში მდებარე პატარა ეკლესია — ნუკას საყდარი. ერთი პერიოდი ეს მოსაზრება საყოველთაოდ იყო მიღებული მეცნიერებაში, 1950-იან წლებში ის „გრიგოლ ხანცთელის ცხოვრების“ დეტალური ანალიზის საფუძველზე უარყო პავლე ინგოროყვამ. მისივე გამოკვლევით, ხანძთა არის გვიანდელი ქვემო ფორთა (აშაღი ფორთა (Aşaği Porta), ამჟამად შეადგენს სოფელ ფირნალის (Pırnali) ერთ-ერთ უბანს), რომელიც ნიკო მარს შატბერდი ეგონა. ეს მოსაზრება დამატებითი არგუმენტებით განამტკიცა ვახტანგ ჯობაძემ. ამჟამად ამ აზრს, რომ ფორთას სახელით დარჩენილი ნამონასტრალი არის ხანცთა ემხრობა ყველა თანამედროვე მკვლევარი.